可用于研究复杂生物系统机制的新工具
该报纸(记者Diao Wenhui)空间转录组技术可以同时研究细胞基因表达和空间位置信息,也可以研究显示生命过程(例如器官发育和疾病机制)的重要工具。但是,大多数现有方法针对的是单样本设计,并且很难处理多样本数据,例如比较样本,时间序列,三维空间等。最近,BGI Life Sciences研究研究所的研究团队提出了一个创新的审查框架,称为“刻板”,该框架是系统地解决了一个系统的换句话说,该工具是许多新型工具,并提供了许多新型工具。相关结果发表在自然通信中。立体框架包括三个主要组件,其中MSDATA容器可以团结界面,管理大量数据并支持快速呼叫和多个样本的灵活操作; MSS控制器是一个智能中央系统,可以自动监视数据依赖性并产生视觉结果。可以轻松地将MS-ST转换器调整为许多样本的需求,这些样本不仅可以结合全局数据,还可以拆分和验证本地结果。研究人员介绍了立体拷贝配置了三种算法,其中立体循环-CCD算法可以准确地识别疾病样本和正常样品之间细胞群落的差异。立体拷贝-TGPI算法首次实现了空间测量的关节分析,并考虑了基因与空间分布和时机变化的相似性。它不仅可以识别出发育过程中不断变化的基因,而且还建立了一个动态基因调控时间,以打破分子发展和疾病过程的分子代码;二维限制和重新审查的三维限制摧毁了立体复制nichereg3d算法单细胞分辨率中的卵形细胞微环境。通过结合细胞间通信和基因调节模型,立体副本提高了特定情况的预测准确性,从而为器官发生研究提供了新的观点。实验证明,立体算法在完整性的准确性上不仅仅是现有工具,并且相关成就应用于切割场,例如大脑发育和微环境肿瘤。目前,全球科学研究人员已经下载了立体拷贝开源工具,超过48,000次,并用于数千个研究项目。预计它们的灵活性和效率将促进空间幻象技术的标准化,并促进准确药物,新研究和药物开发领域的突破。相关论文信息:https://dii.org/10.1038/s41467-025-58079-9
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